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时间，光柱瞬间黯淡了数倍，悟空身上的光，一瞬间消失不见，露出了下面红蓝相间的巨人身躯。
面前，一直僵持的光线，竟然转瞬间打破了平衡，一路碾压而来。
失去了闪耀加持的普通光线，根本抵挡不住。
只是，就在那即将抵达眼前，就在那光线即将命中悟空的时候，却突地一下，突然地消失了。
一时间，空荡荡的宇宙，只剩下了悟空一个人，还有那手中停止消失的光线。
视线搜索着，悟空终于在宇宙中看到了那死亡的礼堂光，在宇宙之中，身为普通人的他，又怎么可能存活。
他的手中，黯淡无光的银河火花正紧紧地握住着。
轻易地夺走了银河火花，悟空的手按在了火花之上，缓缓融入了自己额头的水晶之中。
力量，一瞬间增强了不少。
银河的光，还有能够转换身躯的银河火花，真是好东西啊！
就在悟空准备试验下自己新获得的力量的时候，空间，却是陡然裂开了一道纹路。
宇宙，崩溃了！
庞大的世界之力，一瞬间倾泻了出来，被大圣空间收敛了一空，一边释放，一边在吸收。
原来还可以这么干？
不知多久以后，悟空的身影消失了，消失在了这个什么也没有的地方。
宇宙已经消失了，代表着银河的世界，彻底结束了。
……
……
这是盖亚的世界。
20世纪末，世界各地的天才少年组成了一个名为&ot;炼金之星&ot;的组织，其成员之一的高山我梦作为&ot;xig&ot;的一员，靠大地给予的大地之光变身成盖亚·奥特曼后，投入了同cisis计算机所预测到的&ot;根源性灭亡招来体&ot;进行的誓死决战中；
另一方面，已脱离&ot;炼金之星&ot;的&ot;藤宫博也&ot;坚定地认为：对于地球而言，人类才是真正的癌细胞。他凭着海洋之光的威力，变身成与&ot;盖亚&ot;相对立的&ot;蓝色奥特曼--阿古茹·奥特曼&ot;。
作为日本平成年度奥特曼三作品的压轴戏，盖亚·奥特曼其最大的变化在于&ot;盖亚和阿古茹&ot;这二个敌对、且都为地球人出生的&ot;人类奥特曼&ot;的登场。当然，他俩的战斗场面也属前所未闻。
盖亚奥特曼的故事发生在另一个时空中，这个时空既不同于昭和时代奥特曼的时空，也不同于迪迦奥特曼和戴拿奥特曼的时空。具有两个在如何保卫地球不受破坏招来体破坏上思想相冲突的奥特曼。
故事的前一半展示了他们之间越来越紧张的关系以及两人最后的决战，而后一半则调解了两人的分歧，因此他们才能打败共同敌人。
剧中的战队也不同于以前的战队，而比以前也有许多次出场，并且两人在故事开始经常争执。他们的思想就像他们皮肤一样不同。
不像盖亚（或是到那时的所有奥特曼），阿古茹完全是蓝色的。盖亚很坚定地去救地球和人类，可同样出生在地球的阿古茹，在一开始只有兴趣保护这个星球，甚至不惜牺牲人类（他和盖亚的分歧就是从这里开始的）
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